一直以来，艾莲娜（Kelly Sheridan 配音）都过着无忧无虑的生活，整日和花朵仙女们、唱歌、跳舞，开心又自在。不幸的是，一场可怕的疾病传染了开来，花朵枯萎失去了往日的颜色，同伴们亦郁郁寡欢再也不能自由的飞向，看着昔日的乐园变成了如今的荒芜，艾莲娜心痛又焦急。 传说守护天使阿祖那（Venus Terzo 配音）知道解决这一切麻烦的方法，可她却身处遥远的梦幻仙境之中，为了拯救赖以生存的家园和朋友们，勇敢的艾莲娜义无反顾的踏上了冒险的旅程。在漫长而遥远的旅途中困难重重，善良天真的艾莲娜会遭遇怎样的奇遇呢？她又能否顺利的完成任务，重建美好的家园呢？
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故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
