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时代为明治末期――苦于贫穷的天才歌人・石川啄木，因一桩杀人事件为契机，开始以公寓为据点的侦探社操业。其名为“啄木鸟侦探社”。
“浅草十二阶幽灵骚动”、“雪夜中在街上徘徊的吃人人偶”……啄木总会主动投入各种奇怪事件，而担任他助手的、就是他的同乡前辈・金田一京助。
以文明开化的东京为舞台，八面玲珑的天才歌人・石川啄木引领风潮，拉着同为文人同侪的野村胡堂、吉井勇、萩原朔太郎、若山牧水等人一起展开全新生活。
故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
