来自深渊的暗黑魔物们“黑之军势”入侵了在盟主“圣王”治理下原本和平的“尤格特”，并一举攻下了“圣王国”的首都——“王都”。“圣王”举各国之力消灭“黑之军势”，然在与“黑之王”的决斗中，“圣王”战死。失去要员的“联合军”随即崩溃，大陆处处魔物肆虐。“主人公”作为“义勇军”的一名战士，走上了与魔物战斗的旅程。在一次战斗中，他救下了一名名为“菲娜”的少女。少女在昏厥之后失去了记忆，后在“比利卡”的建议下为了寻找自己的过去加入了“义勇军”随“主人公”一起冒险。
在進行機甲武鬥大會的冠軍戰時，布萊札德突然來襲，十年前他們也曾侵襲而來，但不知為何他們這次就很乾脆地撤退了。然後這樣過了好幾個月的某日，在創世紀特區的里昂一行人正要接受訓練時，天空突然出現異常現象，竟然出現了鏡像世界的里昂他們，這到底是怎麼一回事呢？
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。
芥川丈途（合田彩 配音）表面上是一个朴素老实的男孩，在背地里，他还有另一重惊人的身份——超级天才畅销工口小说家，由于职业的关系，丈途经常会陷入糟糕的妄想之中，从而引发了许多的麻烦。 一次偶然中，丈途转入了闪学园，一所集结了各路天才的超级学园。在闪学园里，丈途结识了天才单簧管演奏者鸣唐吹音（福原由莉奈 配音），吹音单纯迷糊的性格让丈途对其产生了好感。与此，声线超好的歌姬园声谣江（柏山奈奈美 配音）也以叛逆不羁的形象出现于丈途的视线中。此外，学园中各式各样的天才美少女让丈途眼花缭乱，究竟该选择谁？丈途陷入了深深的矛盾之中。
五年前，大冢村一夜之间瘟疫流行，周围的村庄为了防止疫病蔓延，一把火烧毁了整个大冢村。大冢村的三个孩子，犬冢信乃、犬川庄介以及滨路得以幸存。三人被教会收养，并在别的村庄中过着平静的生活。而在大冢村事件中获得了特殊的能力的信乃和庄介，则一直不明原因地被帝国教会总部寻找。大冢村事件发生的五年后，终于寻觅到信乃与庄介踪迹的教会总部，为了引诱两人来帝都，竟然带走了滨路……
