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故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
芥川丈途（合田彩 配音）表面上是一个朴素老实的男孩，在背地里，他还有另一重惊人的身份——超级天才畅销工口小说家，由于职业的关系，丈途经常会陷入糟糕的妄想之中，从而引发了许多的麻烦。 一次偶然中，丈途转入了闪学园，一所集结了各路天才的超级学园。在闪学园里，丈途结识了天才单簧管演奏者鸣唐吹音（福原由莉奈 配音），吹音单纯迷糊的性格让丈途对其产生了好感。与此，声线超好的歌姬园声谣江（柏山奈奈美 配音）也以叛逆不羁的形象出现于丈途的视线中。此外，学园中各式各样的天才美少女让丈途眼花缭乱，究竟该选择谁？丈途陷入了深深的矛盾之中。
