在平稳而乏味的乡村生活的少年·近卫刀太， 有着前往都市一展宏图的梦想。 为此，他每天都向养育了自己的亲人， 同时也是优秀的魔法使·雪姬发起挑战。 但，一边战斗一边和睦度日的两人面前出现的赏金猎人， 宣告了平稳乡村生活的终结。 这是，成为不正经者的人们的物语。
在進行機甲武鬥大會的冠軍戰時，布萊札德突然來襲，十年前他們也曾侵襲而來，但不知為何他們這次就很乾脆地撤退了。然後這樣過了好幾個月的某日，在創世紀特區的里昂一行人正要接受訓練時，天空突然出現異常現象，竟然出現了鏡像世界的里昂他們，這到底是怎麼一回事呢？
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西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
大学即将毕业，美丽的女学生华织（片岡未来 配音）约上好友惠理香（谷口亜実 配音）、纪子（佐伯まさみ 配音），离开东京前往冲绳，计划借宿男友阿忠（根岸拓馬 配音）叔叔的别墅做毕业旅行。在当地，她们不断闻到死尸般的恶臭味。不久，长着尖刺长脚的怪鱼闯入别墅，它们以极快的速度奔走，并且攻击华织等人。很快她们发现，数以万计的步行鱼登陆冲绳海滩，引起巨大的恐慌。不止如此，东京方面也成为步行鱼的天下。担心阿忠的情况，华织毅然返回东京。面对这个末日般的城市，她如何才能找到阿忠呢？本片根据恐怖漫画家伊藤润二的同名原著改编。
剧情紧接前作展开，航空都市舰武藏在救出赫莱森·阿利亚达斯特之后，离开三河启航前往英国，希望能获得英国的支援。但由于无敌舰队海战历史再现开战在即，三征西班牙害怕英国与武藏联手，决定先声夺人攻击武藏。 面对三征西班牙精锐攻击，武藏与之相对后顺利逃脱，但在英国边境却遭受英国“女王的盾符”成员攻击，不得已只好暂时与赫莱森等人搭乘的运输舰切割。运输舰总算是平安登陆在第四阶层的海岸，英国却不准武藏舰登陆。 武藏与英国经过谈判，决定举办联合校庆，但后续发展依旧困难重重。 而此时，点藏·库罗斯优奈特在海岸边遇到一个浑身伤痕的神秘人，解开了英国方面一段不为人知的隐情。 故事由此展开。
家中的祖业是“咬咬屋”。被咬屁屁虫咬了的人类无论是“心灵”还是“身体”都会变得更有活力。本片以这个“咬咬屋”以及咬屁屁虫上的“咬咬学校”为中心展开故事，是一部充满了笑点的轻松动画作品。
