《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。
在中俄边境的额尔古纳河右岸，居住着一支数百年前自贝加尔湖畔迁徙而至，与驯鹿相依为命的鄂温克族人。他们信仰萨满，逐驯鹿喜爱食物而搬迁，在享受大自然恩赐的同时也艰辛备尝，人口式微。玛丽娅是一个美丽的鄂温克女子，她的伯父尼都是老一代萨满…… 影片用充满乡愁的镜头，对鄂温克族人的生活及萨满信仰进行了史诗般的回顾。这是一部描述我国东北少数民族鄂温克人生存现状及百年沧桑的影片，似一壁饱得天地之灵气，令人惊叹却难得其解的神奇岩画；又似一卷时而安恬、时而激越，向世人诉说人生挚爱与心灵悲苦的民族史诗，影片讲述了这个弱小民族顽强的抗争和优美的爱情。
一位台湾教授大陆寻根，不幸丢失了女儿。失踪的女孩后来被一位好心的农民李大山收养，由于李大山家境贫寒，又在事故中变成了残疾，只好让自己的亲生儿子小辉辍学，让拣回来的义女李叶继续完成学业直至供她上了大学。为此他们父子付出常人难以忍受的艰辛，但李叶上大学后隐约知道了自己的身世，同时陷入了极度的自卑，并和养父渐渐疏远。
