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时代为明治末期――苦于贫穷的天才歌人・石川啄木，因一桩杀人事件为契机，开始以公寓为据点的侦探社操业。其名为“啄木鸟侦探社”。
“浅草十二阶幽灵骚动”、“雪夜中在街上徘徊的吃人人偶”……啄木总会主动投入各种奇怪事件，而担任他助手的、就是他的同乡前辈・金田一京助。
以文明开化的东京为舞台，八面玲珑的天才歌人・石川啄木引领风潮，拉着同为文人同侪的野村胡堂、吉井勇、萩原朔太郎、若山牧水等人一起展开全新生活。
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
