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这是，某个冬日的故事。 女高中生抚子刚从静冈搬家到山梨，为了观赏“绘制在千元纸币上的”富士山，骑着自行车来到本栖湖。但不巧天气是阴天，没能看到富士山，抚子累得当场躺下睡着了。当她醒过来的时候，时间已是深夜。在第一次到达的地方，早已忘记了回家的路途。一个爱好露营的女孩子凛，向不安胆怯的抚子伸出了援手。为了温暖冻僵的身体，两人点燃了篝火。噼啪噼啪的柴火爆音，在静寂的湖畔显得沁人心脾。围着篝火，抚子和凛一边捧着咖喱面一边对话。终于，两人期盼已久的瞬间到来了。 “看到了……富士山……” 抚子与凛，由两人的相遇而衍生的户外系girls story开始了。
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
