某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

　　《枪神》根据由内藤泰弘先生的漫画原作漫画版TRIGUN（トライガン）改编。
　　故事从梅丽鲁和米丽——两位自称来自贝露那堤保险协会的少女，缉拿“世纪大飓风”的线索开始。可当她们两人遇到这个“红色衣服，金色头发，耳边还有耳环”的法修史坦毕特之后，根本无法想象他就是“传说中使一 个城市一夜间完全毁灭的危险人物，最危险的通缉犯”。这个整天叫着“LOVE＆PEACE”，爱甜甜圈如命的温柔男人怎么可能就是罪大恶极的法修。之后的旅行中他们互相照顾，帮助和保护了不少有困难的人，共同度过了不少险情，成为了很好的朋友。一切的平和直到GUNG-HO-GUNS的出现，一切都发生了改变，法修甚至开了杀戒。这个“与以灭绝人类为己任”超级杀手集团GUNG-HO-GUNS到底和法修有什么关系？他们又将面临怎样的挑战？

　　“由于遗传基因科学的进步，人类正急剧变身”（史蒂芬·W·何金）
　　舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。
　　这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。
　　有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。
　　袭击他们的异型以及迎击的白色身影，被称作生化体的他们拥有远超人类的速度与力量。
　　迦瓦鲁、浩司、龙，他们到底是什么人！？而他们的目的又是？还有，袭击他们的生化体以及生化体背后的神秘组织是……！？
　　人类在探索新的可能性的同时，也会有新的威胁产生的可能性，这就是生体细胞强化理论。三个年轻人面对的，就是为了这个理论的完成和实现而暗中活跃的强大组织。
　　但是，他们剩下的时间，只有三个月了！
　　由于遗传基因科学的进步，人类正急剧变身”（史蒂芬·W·何金）舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。袭击他们的异型以及迎击的白色身影，被称作生化体的他们拥有远超人类的速度与力量。迦瓦鲁、浩司、龙，他们到底是什么人！？而他们的目的又是？还有，袭击他们的生化体以及生化体背后的神秘组织是……！？人类在探索新的可能性的同时，也会有新的威胁产生的可能性，这就是生体细胞强化理论。三个年轻人面对的，就是为了这个理论的完成和实现而暗中活跃的强大组织。