故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。
在寻找宇宙之眼的时候意外被吸入到了神秘的宇宙裂缝之中，在赛尔号生死存亡的关键时刻，船长命令SPT小分队火速联系赫尔卡星的战神联盟，他们才是拯救赛尔号的唯一希望。全新角色剧情扑朔迷离，宇宙最残酷的终极PK就要来临……
