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　　宇宙历794年，帝国历485年，莱因哈特·冯·缪杰尔年届十八岁，阶级准将。这一年爆发了凡弗利特星域会战。在无能老将们的围绕下，莱因哈特的野心如火般熊熊燃烧起来。
　　本篇还叙述了蔷薇骑士连队的历史，以及先寇布和叛变的前任队长留涅布尔克的经历。先寇布和吉尔菲艾斯的唯一一次肉搏战对决在本片中出现，后来的宪兵总 监克斯拉也在此出场。

　　2022年、第17回サイバーフォーミュラGPXが開催された。「アルザード事件」の出場停止処分も解けて加賀やスタッフも戻ってくるが、いまいちレース出場に懸念を抱く理事会は大幅な予算削減を決定。一昨年のマシンでの出場を余儀なくされてしまう。しかし初戦で戦力不足を痛感させられた加賀は、突然接触してきた名雲の誘いを受け、アルザードのオリジナルマシンである「凰呀」を悩んだ末に譲り受ける。そして古いつきあいのグレイと、彼に預けていたフィルをメカニックとして呼び寄せた。
　　そこまでしてハヤトにこだわる加賀には理由があった。かつて自分が負けたZEROの領域をハヤトが乗り越えたこと、そしてそんなハヤトにZEROで失った親友の姿がオーバーラップしたからだった。

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。
　　小新的失踪令美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）感到十分焦急，就在此时，一名代号肌肉（玄田哲章 配音）的男子出现在了两人的身边，很显然，肌肉知道小新的下落和整件事情的来龙去脉，但肌肉并不愿意带着美伢和广志去寻找小新。追寻着细微的线索，美伢和广志得知小新身在香港，两人前往香港，在那里又遇见了肌肉，一行人前往神秘组织“猪蹄组”的老巢。

　　“由于遗传基因科学的进步，人类正急剧变身”（史蒂芬·W·何金）
　　舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。
　　这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。
　　有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。
　　袭击他们的异型以及迎击的白色身影，被称作生化体的他们拥有远超人类的速度与力量。
　　迦瓦鲁、浩司、龙，他们到底是什么人！？而他们的目的又是？还有，袭击他们的生化体以及生化体背后的神秘组织是……！？
　　人类在探索新的可能性的同时，也会有新的威胁产生的可能性，这就是生体细胞强化理论。三个年轻人面对的，就是为了这个理论的完成和实现而暗中活跃的强大组织。
　　但是，他们剩下的时间，只有三个月了！
　　由于遗传基因科学的进步，人类正急剧变身”（史蒂芬·W·何金）舞台设在公元2007年的皇树学院都市。这里是汇集最新科技的研究学院都市。这当中，有个为培养各领域的专家而设立的皇树学院。能进入这个学院的人，一定在某个领域里拥有杰出能力。有一天，这个皇树学院的高中部里，来了名叫浩司、龙还有迦瓦鲁的三个人。那天开始，平静的学院生活蒙上了阴影，激烈的战斗开始了。袭击他们的异型以及迎击的白色身影，被称作生化体的他们拥有远超人类的速度与力量。迦瓦鲁、浩司、龙，他们到底是什么人！？而他们的目的又是？还有，袭击他们的生化体以及生化体背后的神秘组织是……！？人类在探索新的可能性的同时，也会有新的威胁产生的可能性，这就是生体细胞强化理论。三个年轻人面对的，就是为了这个理论的完成和实现而暗中活跃的强大组织。